Ao assumir a Secretaria de Estado de Saúde (SES-MT), em março de 2017, Luiz Soares encontrou um déficit superior a R$ 400 milhões, além de um passivo (dívidas passadas) acumulado desde 2009. A informação foi divulgada nesta semana durante encontro do gestor com funcionários. Em um balanço de atividades, ele declarou ter ciência de que os problemas irão perdurar,  mas que deixa a titularidade da pasta de cabeça erguida. “O trabalho em si, nesses 18 meses que terminam agora em dezembro, tem entregas, tem conquistas e tem a consciência coletiva de que há muito ainda a se fazer para resgatar a Secretaria. Neste cenário, eu tenho para mim que esta equipe é vitoriosa, sai de cabeça erguida com o sentimento de dever cumprido". Soares enfrentou em sua gestão uma série de greves nos hospitais regionais, além de ações de bloqueio de bens. A pasta ainda foi alvo de operação do Ministério Público.