O Museu de História Natural de Mato Grosso possui uma estrutura física específica para a salvaguarda de materiais arqueológicos e paleontológicos colhidos ao longo dos anos. A salvaguarda de materiais arqueológicos, etnológicos e paleontológicos garante o acesso da população aos artefatos tradicionais locais, que podem ser utilizados em atividades educacionais, científicas, culturais e de lazer.

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A salvaguarda de materiais arqueológicos, paleontológicos e etnológicos contribui para a formação de mão de obra qualificada no estado, acesso do acervo à população e criação de alternativas de desenvolvimento científico e educacional relacionadas com as pesquisas feitas nos empreendimentos durante a etapa de salvaguarda.

O trabalho de salvaguarda destes materiais tem sido feito pelo Instituto Ecossistemas e Populações Tradicionais (Ecoss) há mais de 20 anos, com desenvolvimento de pesquisas por meio de projetos e articulações junto a empreendimentos que estavam sendo desenvolvidos no estado, para que os materiais que fossem encontrados durante a etapa de licenciamento ambiental ficassem salvaguardados no acervo do Instituto.

Todo grande empreendimento precisa fazer, durante a etapa de licenciamento ambiental, análises arqueológicas e paleontológicas, e caso algo seja descoberto, é preciso deixar todas essas peças em um local adequado e com equipe especializada. Muitas vezes essas análises ajudam na descoberta de registros, até então, desconhecidos para a comunidade científica e também para a população da região.

Ao visitar o Museu de História Natural de Mato Grosso, alguns dos materiais mais relevantes encontrados durante essas pesquisas estão salvaguardados ou em exposição. Antes da fundação do Museu não se tinham muitos acervos disponíveis para a população do estado. Atualmente, é possível conferir de perto uma coleção de materiais arqueológicos como urnas funerárias, ferramentas de pedra lascada e pedra polida e peças do século XVIII e XIX, como louças e materiais do período de escravidão e sesmarias.

O Museu também conta com um grande acervo paleológico que conta desde as formas de vidas mais simples, como estromatólitos, a fósseis de animais marinhos de quando a região era mar, fósseis de dinossauros e animais gigantes da megafauna como a preguiça e o tatu gigante.

Exigência do Ministério Público

Quando a Casa Dom Aquino foi transformada em museu, foi preciso atender uma exigência do Ministério Público Estadual (MPE), quanto a construção de uma reserva técnica para salvaguardar todo o material paleontológico, etnológico e arqueológico presente no local. Entre 2018 e 2020, o Instituto Ecoss conseguiu através de apoios institucionais vindos de empresas, o valor para a construção da reserva técnica com estrutura física adequada para salvaguardar as peças, sendo esse espaço, considerado por muitos pesquisadores que visitam o Museu, um dos melhores do Brasil.

Antes de 1998, todo o material arqueológico, etnológico e paleontológico do Estado não permanecia em Mato Grosso, já que o Estado não possuía um local adequado para guardar essas peças. Foi então, que o Instituto Ecoss, que já realizava pesquisas na área, iniciou a gestão da Casa Dom Aquino através de parcerias, doações e voluntariado, ficando de 1998 até 2008, trabalhando com apoios vindos de empresas e doações para manter o local onde estavam peças fundamentais para contar a história natural de Mato Grosso.

Nos anos de 2008 e 2009 e posteriormente a partir de 2018, chegaram os primeiros recursos do Governo do Estado, do qual o Instituto sempre teve uma boa relação de parceria, para contribuir com a manutenção do Museu e salvaguarda do acervo.

A reserva é reconhecida pelo Instituto Patrimônio Histórico Artístico Nacional (IPHAN) e, em Mato Grosso, apenas o Instituto Ecoss e o Instituto do Homem Brasileiro possuem espaços adequados para a salvaguarda de seus materiais.