As usinas hidrelétricas também podem impactar o ambiente. Segundo a análise socioambiental do plano, dos 71 projetos previstos no documento, três são considerados de "impacto extremamente significativo": Estreito, que está em construção no rio Tocantins (entre Tocantins e Maranhão); Belo Monte, no rio Xingu (Pará), e Marabá, também no rio Tocantins (Pará).

Desses 71 projetos, 11 interferem diretamente sobre unidades de conservação --áreas importantes ambientalmente como parques nacionais ou estações ecológicas, entre outras. E o plano prevê crescimento do aproveitamento do potencial hidrelétrico da bacia amazônica, onde devem ser feitos 15 empreendimentos.

Social
O impacto social das hidrelétricas também não pode ser ignorado: segundo a análise socioambiental, 89.815 mil pessoas devem ser afetadas por 54 projetos de hidrelétricas --26.274 pessoas na área urbana e 63.541 pessoas na área rural.

Porém, segundo o Ministério de Minas e Energia, a implantação das hidrelétricas trará benefícios para o país, como a abertura de 171.670 postos de trabalho nas diversas regiões do Brasil, considerando somente empregos diretos criados pela construção das usinas.