O Ministério Público Federal  instaurou, desde o início de 2025, inquéritos civis para apurar a correta aplicação dos recursos do Fundeb em mais de 70 municípios de Mato Grosso. Todas as investigações têm como eixo a verificação da existência de conta única e específica, de titularidade da respectiva Secretaria Municipal de Educação, para movimentação dos recursos, em estrita observância ao que dispõe a Lei nº 14.113/2020. Cada procedimento segue o mesmo rito, convertendo Notícia de Fato em inquérito civil e qualificando eventuais irregularidades como atos de improbidade administrativa, sem prejuízo de outras medidas previstas em lei. A atuação do MPF busca garantir o princípio constitucional do direito à educação, bem como os princípios da legalidade, moralidade, eficiência e dignidade da pessoa humana.